python 으로 Aperio WSI 파일(.svs) 슬라이싱하기

WSI 파일이란?WSI(Whole Slide Image)란, 조직학/병리학 데이터를 고해상도로 저장하여 고배율로 확대 가능한 이미지를 말한다. 오늘 포스팅에서는 Aperio ImageScope 소프트웨어를 통해 열 수 있는 염색된 조직 WSI를 AI training을 위해 전처리하는 과정을 소개하고자 한다. 데이터셋은 KPMP(Kidney Precision Medicine Project)라는 kidney 슬라이드 오픈 데이터베이스에서 가져왔다. 아래 사진은 PAS staining한 슬라이드를 저배율(2x)로 관찰한 것이다. 아래 사진은 고배율(x20)로 관찰한 것이다. 사구체(glomerulus)가 잘 보인다. 이미지 슬라이싱 목표본 프로젝트에서는 공개된 신장 슬라이드 이미지에 generative AI ..

2024.03.05